Principalmente existen dos diferencias entre estas opciones, la primera es que los campos de búsqueda en Documentos Impagos solo permiten marcar y desmarcar si corresponde a documentos emitidos o recibidos, además que los campos de fecha solo sirven para fecha de emisión del documento en este caso, por lo que para búsquedas más detalladas, se recomienda utilizar el modulo Cobranza -> Buscar Cobros:

Los filtros avanzados de búsqueda siguen siendo iguales.